A saída foi unir dois personagens bem conhecidos do episódio original: Point Man and Paxton Fettel. Point Man é um supersoldado e foi protagonista de "F.E.A.R". Sua missão, na época, era matar Fettel, um bruxo que estava assassinando gente inocente com seus poderes sobrenaturais. O que tornou essa missão um pouco mais complicada era o fato dos dois serem irmãos.

Após cumprir seu objetivo, Point Man começou a ser atormentado pelo fantasma do irmão. Em "F.E.A.R. 3" ambos cooperam para encontrar Alma, a misteriosa garota por trás dos maiores mistérios da série. Fazendo o papel de antagonista e parceiro, Fettel acompanha seu irmão por toda a aventura, usando poderes paranormais para ajudá-lo.

Em vários momentos durante a aventura, flashbacks mostram cenas assustadoras dos dois irmãos ainda quando crianças. Em certo momento, ambos estão caminhando por uma fase quando, de repente, a tela muda para uma floresta escura com um grotesco carrossel. Um ponto interessante é que ao jogar novamente as fases, os momentos de sustos e alucinações acontecem em instantes diferentes e aleatórios.

São momentos como esse que prometem fazer de "F.E.A.R. 3" um jogo tão assustador quanto o primeiro - mesmo que com dois jogadores.